Las Iglesias Bautistas se conocen en España con este nombre durante la Reforma (siglo XVI). Se calcula que en 1.559 había mil protestantes en Sevilla, otros mil en Valladolid, y un millar más en diferentes lugares de la península. Pero la fuerte represión de la Inquisición hizo que los evangélicos tuvieran que vivir en el ostracismo o en los "rincones" de nuestra patria.
En 1.868, y gracias a la revolución republicana, se produce lo que se ha dado en llamar "La Segunda Reforma Protestante". En este año se produjo la tolerancia religiosa a los no católicos. En este tiempo fue muy significativa la ayuda del americano Guillermo Knapp (llega a España en 1.867 con 32 años de edad), misionero independiente. Existe un escrito de este misionero donde dice que en el 1.870 y tras una campaña de 7 meses, 1325 personas aceptan la liberación que Cristo les ofrecía entendiendo que su crucifixión era suficiente para ser perdonados y poder empezar una nueva vida (Romanos 6:23).
El 10 de agosto se organizó la Primera Iglesia Bautista de Madrid. La Unión Bautista Misionera Americana apoyó su trabajo, y lo nombró misionero dejando así de ser independiente. Knapp terminó sus trabajos en España el 21 de noviembre de 1.876. Guillermo Knapp muy interesado por la literatura, entre 1.875 y 1.877 escribió diferentes libros por lo que fue distinguido como caballero comendador de la Orden de Isabel la Católica de España en 1.877. El pastor Manuel de Canencia sustituyó a Knapp en el pastorado de la Primera Iglesia Bautista de Madrid, pero murió (1.882) al poco tiempo, y la capilla se cerró.
Otro misionero americano, Gustavo Teófilo Vickman entra en España en el 1.914, y lo hace de forma independiente. Al poco tiempo es aceptado junto con su esposa en una organización misionera bautista de Chicago. Al año siguiente (1.915), Vickman organiza lo que sería una vez más la Primera Iglesia Bautista de Madrid con 26 personas recientemente convertidas y bautizadas. Más tarde, esta iglesia que estaba en los sótanos de la Calle Lavapiés, pasó a la calle de General Lacy, lugar donde alquilaron un local hasta que se consiguió la compra del templo definitivo.
En los años 60 surgen simultáneamente cuatro congregaciones que son asumidas como labor Misionera por la Iglesia de General Lacy: Villaverde, Barrio del Pilar, Vallecas y Pueblo Nuevo.
Un grupo de creyentes deciden reunirse en el Paseo de la Castellana, 286, y después de un tiempo cogen un local en la calle de Ribadavia, 38 (esto es en 1.967) en el Barrio del Pilar. Con el respaldo siempre de la Iglesia de General Lacy adquieren finalmente un local en Ginzo de Limia, 44 que poseen en estos momentos. El 19 de enero de 1.974 se constituye en iglesia dejando de ser punto de misión dependiente. Han sido pastores de esta iglesia desde la constitución del Punto de Misión, hasta hoy, Don Juan L. Rodrigo, Don Carlos Whitten, Don Rafael Bustamante, Don Jesús Polaino, Don Fernando Méndez Moratalla , Don Davis González Tiniacos y actualmente Don Oscar Antonio Cubilla.